در تحقیق که بر روی میگوی چینی (Fenneropenaeus chinensis) انجام شد از هفت نشانگر ریزماهواره برای بررسی ساختار ژنتیکی آن در هفت منطقه استفاده شد و در مجموع ۱۰۹ آلل در کل جایگاهها بهدست آمد. نتایج حاصل از انالیز AMOVA و فاصله ژنتیکی سه منطقه با جمعیت‌های مجزا را نشان داد (منگ، ۲۰۰۹).
بر اساس مطالعات صورت گرفته در سال ۲۰۰۹ بر روی صدف آب شیرین Hyriopsis cumingii از هشت نشانگر ریزماهواره برای بررسی ساختار ژنتیکی در دو منطقه پرورشی و چهار منطقه وحشی استفاده شد که در مجموع ۹۶ الل در شش منطقه دیده شد، نتایج تنوع ژنتیکی بالاتری را در جمعیت‌های وحشی در مقایسه با جمعیت‌های پرورشی نشان دادند در حالیکه جمعیت‌های پرورشی میزان بالاتری از درون‌آمیزی (f=0.10-0.11) را در مقایسه با جمعیت‌های وحشی (f=0.02-0.10) نشان دادند. AMOVA نشان داد که تنوع درون جمعیت‌ها ۹۵/۸۲ % و تنوع بین جمعیت‌ها ۱۸/۴% می‌باشد. (لی و همکاران، ۲۰۰۹).
نتایج حاصل از آنالیز نشانگرهای دی ان ای ریزماهواره تمایز ژنتیکی بین جمعیتهای وحشی و پرورشی گوازیمماهی (Polydactylus sexfilis) در هاوایی نشان نداد (پان و یانگ، ۲۰۱۰). در این مطالعه از ۱۵ نشانگر ریزماهواره استفاده کردند که در این بین شش نشانگر که چندشکلی بالایی نشان داده بودند برای آنالیزهای بعدی استفاده شدند. در مجموع ۳۷ آلل در سطح شش جایگاه در دو جمعیت شناسایی شد. شاخص Fst در این مطالعه ۰۰۱/۰ و مقدار هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب ۶۶/۰ و ۷۵/۰ بهدست آمد. نتایج حاصل از آنالیز تنگنای ژنتیکی نشان داد که جمعیت هچری با تعداد کافی مولد یافت شده بهطوری که ضریب درونآمیزی بسیار پایینن (۰۷/۰-۰۵/۰) در هر دو جمعیت مشاهده شد.
ساختار جمعیتی ماهی مرمری صخرهای (Sebastiscus marmoratus) در چهار منطقه جغرافیایی با استفاده از ۱۱ جفت نشانگرهای ریزماهواره توسط سان و همکاران (۲۰۱۱) بررسی گردید. ۸۲ آلل مختلف در این مطالعه شناسایی و بازه وزنی آن از bp101 تا bp255 گزارش شد و میانگین تعداد آلل مؤثر را ۴۳/۴ بود. همچنین میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده را ۶۴/۰ و هتروزیگوسیتی مورد انتظار را ۶۵/۰ اعلام کردند. شاخص جدایی جمعیتها بطور میانگین ۱۵/۰ و انحراف بالا از تعادل هاردی-واینبرگ را به دلیل هتروزیگوسیتی بالا بیان کردند.
راجاسکار و همکاران (۲۰۱۲) به بررسی تنوع ژنتیکی جمعیتهای وحشی (دو جمعیت) و پرورشی (یک جمعیت) سوف آسیایی غولپیکر (Lates calcarifer) با استفاده از ۱۰ نشانگر رپید (RAPD) پرداختند. در این مطالعه ۵۸۹ باند مشاهده شد که ۱۲/۹۳% آنها چندشکلی نشان دادند. میزان تنوع ژنتیکی در جمعیتهای وحشی بیشتر از پرورشی اعلام گردید و الگوی دندروگرام با استفاده از روش UPGMA نیز دو جمعیت وحشی را بر روی یک کلاد و جمعیت پرورشی را بروی کلاد جداگانهای دیگر قرار داد.
فصل سوم
مواد و روش‌ها
۳- مواد و روش‌ها

۱-۳- نمونه‌برداری

تعداد ۱۴۰ نمونه شگماهی براشنیکووی از سواحل مناطق انزلی (E: 49°۲۶’, N: 37°۲۵’)، گمیشان (E: 54°۰۴’, N: 37°۰۴’)، محمودآباد (E: 52°۱۵’, N: 36°۳۷’)، میانکاله (E: 53°۳۵’, N: 36°۴۸’)، ساری (E: 53°۰۳’, N: 36°۳۳’) (هرمنطقه ۲۸ نمونه) در پاییز تا دی ماه سال ۱۳۹۲با استفاده از صید پره نمونهبرداری و از هر ماهی باله دمی جهت استخراج DNA قطع و داخل تیوپهای حاوی الکل ۹۶% فیکس شدند. سپس تمامی نمونهها به آزمایشگاه ژنتیک و بیوتکنولوژی آبزیان دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان جهت انجام آزمایشات منتقل شدند.
شکل ۱-۳- نقشه مناطق نمونه برداری ماهی A. braschnikowi در سواحل جنوبی دریای خزر در مطالعه حاضر

۲-۳- استخراج DNA

در فرآیند استخراج DNA به روش فنول- کلروفرم از محلولها و بافرهایی استفاده میشود که نحوه آماده سازی آنها در زیر آمده است:
تهیه بافر STE (Sodium Cloride , Tris. EDTA)
مواد مورد نیاز: NaCL 1/0 مولار، Tris اسیدی ۰۵/۰ مولار ، EDTA 01/0 مولار، NaOH 01/0 مولار
نحوه ساخت بافر: جهت ساخت ۵۰۰ میلی‌لیتر STE، ۹۲۲/۲ گرم NaCl 1/0 مولار، ۳ گرم تریس ۰۵/۰ مولار و ۸۶/۱ گرم EDTA 01/0 مولار را در ۴۵۰ میلی‌لیتر آب مقطر دوبار تقطیر حل نموده و pH را با استفاده از محلول آب و سود به ۸ رسانده و حجم نهائی به ۵۰۰ میلی‌لیتر افزایش داده می‌شود.
تهیه SDS 20 درصد (سدیم دودسیل سولفات)
مواد مورد استفاده: کریستال SDS، HCL و آب مقطر
نحوه ساخت محلول: مقدار ۱۰۰ گرم کریستال SDS در ۴۵۰ میلی‌لیتر آب مقطر در دمای ۶۸ درجه سانتیگراد حل گردید. با افزودن HCL، pH را به ۲/۷ رسانده و سپس حجم محلول به ۵۰۰ میلی‌لیتر رسانده شد و در نهایت این محلول در دمای آزمایشگاه نگهداری گردید.
بافر TAE (Tris, Acetic Acid, EDTA)
مواد مورد استفاده: Na2EDTA ، Tris و اسید استیک گلاسیال
طرز تهیه: مقدار ۴/۴۸ گرم تریس در ۵۰۰ میلی‌لیتر آب مقطر حل گردید، سپس ۲۰ میلی‌لیتر Na2EDTA نیم مولار و ۴۲/۱۱ میلی‌لیتر اسید استیک گلاسیال به بافر اضافه شد. حجم محلول با استفاده از آب مقطر به یک لیتر رسانده و در دمای اتاق نگهداری گردید.
آمونیوم پر سولفات[۲۵] (A.P.S)
مواد مورد استفاده: پودر آمونیوم پر سولفات ، آب مقطر.
نحوه ساخت: یک گرم پودر APS را در ۱۰ میلی لیتر آب مقطر حل کرده و و در دمای ۴ درجه نگهداری می شود.
TEMED
این ماده به صورت محلول بوده و فوق العاده سمی است. TEMED دارای خاصیت کاتالیزوری جهت تسریع پلیمریزه شدن ژل آکریل است.
بافر سنگین کننده (Loading Buffer)
مو

این نوشته را هم بخوانید :   جستجوی مقالات فارسی - بررسی رابطه بین پیروی سازمانی و رفتار شهروندی سازمانی با میانجیگری سرمایه اجتماعی- ...

دانلود متن کامل این پایان نامه در سایت abisho.ir

اد مورد استفاده: برموفنل ۱%، زایلن سیالن ۱%، گلیسرول ۵۰%
نحوه ساخت: مقدار ۲۵۰ گرم برموفنل بلو با ۲۵۰ گرم زایلن سیالین را در ۳۳ میلی‌لیتر تریس ۱۵۰ میلی‌مولار (۶/۷pH=) حل نموده و پس از آن مقدار ۶۰ میلی لیتر از ماده گلیسرول و مقدار ۷ میلی‌لیتر آب مقطر اضافه کرده و محلول فوق در دمای آزمایشگاه نگهداری گردید.
تهیه آکریل آمید ۳۰ درصد
مواد مورد استفاده: آکریل آمید ، متیلن بیس اکریل آمید، آب مقطر.
طرز تهیه: ۴۹ گرم آکریل آمید به همراه یک گرم متیلین اکریل آمید (N , N methylen bis acrylomid) در ۷۰ میلی‌لیتر آب مقطر به ۱۰۰ سی‌سی رسانده و در دمای ۴ درجه نگهداری می‌شود.
تهیه TBE X 10 (Tris, Boric Acid, EDTA)
مواد مورد استفاده: تریس بازی، اسید بوریک، EDTA نیم مولار و آب مقطر.
نحوه ساخت: برای تهیه یک لیتر بافر TBE 10X، ۱۰۸ گرم تریس بازی به همراه ۵۵ گرم اسید بوریک و ۴۰ میلی‌لیتر EDTA نیم مولار (pH=8) مخلوط نموده و حجم نهایی به وسیله آب مقطر دو بار تقطیر به یک لیتر رسانده میشود.
فنل کالیبره
فنل کالیبره با توجه به خطرات و مشکلاتی که برای آماده سازی آن وجود داشت، بصورت آماده از شرکت سیناکلون خریداری گردید.

۳-۳- نحوه استخراج DNA

در این مطالعه از روش فنل- کلروفرم (هیلیس و همکاران، ۱۹۹۶) جهت استخراج DNA استفاده شد.
مواد مورد نیاز: فنل متعادل (pH=8)، کلروفرم، ایزوامیل الکل، بافر STE، اتانول مطلق ۷۰ درصد، پروتئیناز K، محلول SDS 20 درصد (سدیم دوسیل سولفات)، آب مقطر تزریقی و بافت مورد نظر.